Я являюсь автором данной программы, а правообладателем хочу обозначить компанию, в которой работаю

Здравствуйте, Анна!

Государственная регистрация программы для ЭВМ в Роспатенте производится на основании заявления правообладателя. Если Вы собираетесь передать исключительные права на свою программу для ЭВМ данной компании перед процедурой гос. регистрации, тогда в Роспатент заявление уже будет подавать данная компания (как новый правообладатель).

Вы официально работаете в компании? Договор авторского заказа не заключался?

 п. 2 ст. 1288 ГК РФ

Договором авторского заказа может быть предусмотрено отчуждение заказчику исключительного права на произведение, которое должно быть создано автором, или предоставление заказчику права использования этого произведения в установленных договором пределах

Возможно также заключение договора отчуждения исключительных прав на программу для ЭВМ.

ст. 1234 ГК РФ:

1. По договору об отчуждении исключительного права одна сторона (правообладатель) передает или обязуется передать принадлежащее ей исключительное право на результат интеллектуальной деятельности или на средство индивидуализации в полном объеме другой стороне (приобретателю).

Вам необходимо уточнить обстоятельства и некоторые моменты, для того, чтобы найти оптимальное решение по Вашей ситуации. Подробнее ситуацию можно обсудить, обратившись ко мне в чат на данном сайте.