Станислав, здравствуйте!
Ваше беспокойство беспочвенно.
Вы вправе выставить счет из приложения мой налог, а юридическое лицо его оплатить.
По окончанию выполнения работ, согласно договора с юридическим лицом, может быть составлен акт выполненных работ, это законно.
С 1 января 2013 года в связи со вступлением в силу Федерального закона от 06.12.2011 N 402-ФЗ формы первичных учетных документов, содержащиеся в альбомах унифицированных форм первичной учетной документации, не являются обязательными к применению.
Существует Акт о приемке выполненных работ (Унифицированная форма N КС-2) (ОКУД 0322005), утверждена — Постановлением Госкомстата РФ от 11.11.1999 N 100.
Так что риска из выставления счета и предоставления акта не имеется.
С уважением.