Здравствуйте.
какие могут быть в будущем трудности?
Это зависит от фактических обстоятельств. Если расстояние действительно 2 метра и сам забор проходит по межевой линии (действительной юридической границы участка), возможны различные последствия. В практике редки, но все же наличествуют случаи даже сноса домов в качестве самовольной постройки в случае их слишком близкого расположения к участку. Причем сама по себе законодательная база в этом вопросе — грубо говоря, один сплошной пробел и в моей практике судьи очень по-разному относятся к таким ситуациям.
Обычно за основные применяемые нормы в данном вопросе задействуют нормы СНИПа и минимальное расстояние между постройкой и участком должно быть 3 метра. Есть и другие нормы, например, скат крыши Вы должны ориентировать на свой участок, в противном случае (допустим, при обильном выпадении осадков и попадании снега с Вашей крыши на чужой участок) есть вероятность, что Вам придется возмещать другому собственнику убытки:
Лицо, право которого нарушено, может требовать полного возмещения причиненных ему убытков, если законом или договором не предусмотрено возмещение убытков в меньшем размере.
Под убытками понимаются расходы, которые лицо, чье право нарушено, произвело или должно будет произвести для восстановления нарушенного права, утрата или повреждение его имущества (реальный ущерб), а также неполученные доходы, которые это лицо получило бы при обычных условиях гражданского оборота, если бы его право не было нарушено (упущенная выгода).
Имеет значение и то, будет ли собственник размещать какие-то дополнительные постройки и на каком расстоянии к Вашему участку. Например, если он поставит строение, соблюдая нормы СНИПа, в близости к Вашему дому и, допустим, в одном из строений будет газ, это может быть также самостоятельным основанием для возникновения проблем и признания судом или другими органами постройки не соответствующей законодательству.
В моей практике даже бывали случаи, когда судьи выезжали на место и подробно изучали расположение зданий на участках, поэтому сказать наверняка, какие последствия возможны, очень сложно, нужно подробнее ознакомляться со всеми обстоятельствами.
К сожалению — да, регистрация не означает, что строение не может быть признано самовольным.
Постановление Пленума Верховного Суда РФ N 10, Пленума ВАС РФ N 22 от 29.04.2010
«О некоторых вопросах, возникающих в судебной практике при разрешении споров, связанных с защитой права собственности и других вещных прав»