Что можно сделать чтобы нас с ребенком не выписали из данного помещения?

Согласно п. 1 ст. 91 ЖК РФ

Статья 91. Выселение нанимателя и (или) проживающих совместно с ним членов его семьи из жилого помещения без предоставления другого жилого помещения

1. Если наниматель… используют жилое помещение не по назначению, систематически нарушают права и законные интересы соседей или бесхозяйственно обращаются с жилым помещением, допуская его разрушение, ...виновные граждане по требованию наймодателя или других заинтересованных лиц выселяются в судебном порядке ...

http://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_51057/ec18b2909546cb6bd7368c54569bcba2423762a5/

При этом предварительно таких граждан обязаны Уведомить и может быть назначен срок для устранения нарушений. 

Согласно абз. 5 п. 39 Постановлению Пленума Верховного Суда РФ от 02.07.2009 N 14 «О некоторых вопросах, возникших в судебной практике при применении Жилищного кодекса Российской Федерации»

использование жилого помещения не по назначению — это в т.ч. превращение его в склад — фактически делать из него нежилое помещение. 

систематическое нарушение прав соседей — это систематически нарушать требования пожарной безопасности, санитарно-гигиенические, экологические и иных требования законодательства, правила пользования жилыми помещениями.

www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_89120/979761dbb462866fd21d32e3d3f27a04867f037b/#dst100157

Т.к. Вы также там зарегестрированы — Вы можете приватизировать данное жалое помещение согласно Закону РФ от 04.07.1991 N 1541-1 «О приватизации жилищного фонда в Российской Федерации»

www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_100/b6b3ad6cfdf02e6fab52356db00a28d96b2cb9e8/

Уточняю предудущий ответ — т.к. Вы зарегистрированы, в случае смерти, Вы не останетесь без регистрации. 

И почему указано: продать с торгов с выплатой собственнику вырученных средств, если в данном случае жилье муниципальное, о какой выплате идет речь?

 По вопросу выплаты, я предполагаю, указано ошибочно. 

И, несмотря на то, что ст. 39 ЖК РФ предусматривает выселение «виновных лиц», речь в данной статье все-таки идет о «нанимателе и членов его семьи». Как соседи — рассматриваются только совместно-проживающие бывшие члены семьи (см. указанное Постановление Пленума ВС РФ). 

Т.о. выслению (снятию с регистрационного учета, потере права на приватизацию данной квартиры) — будут подвергнуты все: наниматель и члены семьи. 

И почему указано: продать с торгов с выплатой собственнику вырученных средств, если в данном случае жилье муниципальное, о какой выплате идет речь?

Тут, вероятно, истец напутал: продажа с торгов с выплатой вырученных средств обычно практикуется в отношении собственника, который своими действиями ставит под угрозу жизнь и здоровье соседей (например, провел запрещенную перепланировку со сносом несущих стен, что угрожает обрушением здания). Это предусмотрено ст. 29 ЖК РФ, но в отношении нанимателя не применяется.

Что можно сделать чтобы нас с ребенком не выписали из данного помещения?

 Приватизировать его.  В соответствии со ст. 2 Закона РФ от 04.07.1991 №1541-1, это могут сделать все лица, имеющие право пользования жилым помещением. Вы там прописаны — значит, имеете право пользование. Вот только от отца придется получить согласие.

сть ли возможность приватизировать жилье если получили такой документ, или в данном случае выселение неизбежно? Можно ли сейчас исполнить предупреждение администрации, или уже поздно? Файл прикладываю.

 В приложенном файле я вижу только исковое заявление. Предупреждение фигурирует по тексту: можете его исполнить и взывать комиссию повторно.

На данный момент Ваше право пользования действует, поэтому приватизировать комнату Вы можете.