Стоит ли объединять и почему работодатель не сделал этого раньше?

Здравствуйте! Вы вправе изменить условия трудового договора, по соглашению сторон путём внесения изменений условий об должностных обязанностях, и увеличение оклада. 

что-то теряю в будущих выплатах, например пенсии или декрета.

 Что касается пособия по беременности и родам, то Вы имеете право на получения пособия как с основного места работы, так и по совместительству. Также как и пособие по уходу за ребенком, если это внутреннее совместительство:

В случае, если застрахованное лицо на момент наступления страхового случая занято у нескольких страхователей и в двух предшествующих календарных годах было занято у тех же страхователей, пособия по временной нетрудоспособности, по беременности и родам назначаются и выплачиваются ему страховщиком по каждому из страхователей, у которых застрахованное лицо занято на момент наступления страхового случая, а ежемесячное пособие по уходу за ребенком по одному из страхователей, у которого застрахованное лицо занято на момент наступления страхового случая, по выбору застрахованного лица и исчисляются исходя из среднего заработка, определяемого в соответствии со статьей 14 настоящего Федерального закона, за время работы (службы, иной деятельности) у страхователя, по которому назначается и выплачивается пособие.

Возможно работодатель не объединил, чтобы не увеличивалось рабочее время, так как оно ограничено ст. 91 ТК РФ: Нормальная продолжительность рабочего времени не может превышать 40 часов в неделю.

Если Вам нужна подробная консультация Вы можете написать мне в чат.
Хорошего дня!

Добрый день.

В данном случае работодатель не вправе объединять основной трудовой договор и договор по внутреннему совместительству в один трудовой договор, поскольку по каждому из них у вас предусмотрены различные трудовые функции. Однако ежегодное перезаключение трудового договора по внутреннему совместительству является незаконным если Вы лишаетесь предусмотренных трудовым законодательством гарантий (например, на оплату ежегодного отпуска по указанному договору). Единственным минусом работы по указанному договору является тот факт, что за ним фактически может быть скрыта сверхурочная работа. Работа по внутреннему совместительству никак не влияет на ваши социально-обеспечительные права за исключением размеров выплат, поскольку Вы будете иметь более высокую заработную плату.

Если мой ответ был Вам полезен, то просьба поставить отметить его как полезный.