Ксения, требуйте выплаты заработной платы согласно трудовому договору. Работодатель не имеет права ее уменьшить произвольно.
Работодатель наделен правом считать кого-либо виновным в краже, не более и не менее, как Вы можете считать кого-либо виновным в краже. Работодатель, это физическое, либо юридическое лицо, и он не наделен функциями правоохранительных органов в отношении Вас в данной ситуации. Если работодатель считает, что произошла кража, он должен обратиться в правоохранительные органы, которые должны по доказательствам установить, была ли кража или нет, и в случае, если была, кто является виновником.
Лучше всего объяснить работодателю в данной ситуации, что Вы будете вынуждены писать заявления в правоохранительные органы о невыплате заработной платы, и так и сделать, а если работодатель «не услышит», то взыскивать заработную плату в судебном порядке. Это не сложно, и работник не платит государственную пошлину по трудовым спорам, согласно налоговому законодательству.