Я офицер, закончил в 2019 году военный институт, квалификация - специалист; в сентября поступил в институт

В силу ст. 19 ФЗ «О статусе военнослужащих» офицеры имеют право на обучение в гражданских профессиональных образовательных организациях или гражданских образовательных организациях высшего образования по очно-заочной или заочной форме обучения.

Порядок реализации такого права определен в постановлении  Правительства РФ от 03.11.2014 N 1156, в силу которого

3. Учебные отпуска и другие социальные гарантии предоставляются офицерам при получении образования соответствующего уровня впервые, а также офицерам, направленным на обучение федеральным органом исполнительной власти (федеральным государственным органом), в котором федеральным законом предусмотрена военная служба.

Принимая во внимание, что Вы 

закончил в 2019 году военный институт, квалификация — специалист

 И сейчас обучаетесь по программе бакалавриата, Вы фактически получаете второе высшее образование, следовательно нет оснований для получения Вами отпуска и командование отказывая в предоставлении Вам отпуска право.

Согласно ст. 10 ФЗ  «Об образовании в Российской Федерации» установлены следующие уровни профессионального образования:

среднее профессиональное образование,

высшее образование — бакалавриат,

высшее образование — специалитет, магистратура,

высшее образование — подготовка кадров высшей квалификации.

В пункте 1 ч. 8 ст. 69 этого же Федерального закона указано, что обучение по образовательным программам высшего образования является получением второго или последующего высшего образования: по программам бакалавриата или программам специалитета — лицами, имеющими диплом бакалавра, диплом специалиста или диплом магистра.

Анализ вышеуказанных нормоположений позволяет сделать вывод о том, что учебные отпуска и другие социальные гарантиипредоставляются военнослужащим указанной категории при получении образования соответствующего уровня впервые, а обучение по программе бакалавриата или специалитеталицами, имеющими диплом специалиста или бакалавра, является получением второго высшего образования.

Подобных выводов придерживается и судебная практика.

В частности, в Апелляционном определении Южного окружного военного суда от 03.06.2022 N 33а-536/2022 отмечалось, что 

Поскольку обучение по программе бакалавриата лицами, имеющими диплом специалиста, является получением второго высшего образования, при этом на обучение с целью получения второго высшего образования С. поступил самостоятельно, а не в связи с его направлением федеральным органом исполнительной власти, в котором федеральным законом предусмотрена военная служба, гарнизонный военный суд, вопреки мнению подателя жалобы, пришел к верному выводу о правомерности отказа командира войсковой части N в предоставлении С. учебного отпуска.
Что же касается утверждения в жалобе о том, что уровень высшего образования — бакалавриат истец получает впервые, в связи с чем он имеет право на учебные отпуска, то оно является ошибочным. Получение образования по гражданской специальности данного уровня не предоставляет ему право на предоставление учебного отпуска, поскольку у него уже имеется высшее образование.

Таким образом, отказ Вашего командования является законным и обоснованным.