Налогообложение акций

Мой отец 86лет инвалид 1 группы прикованный к постели уже несколько лет владел пакетом акций (мелким) одного из челябинских заводов, обмененным на 3 ваучера в ходе прватизации. На бирже эти акции не торговались, дивиденды по ним не выплачивались (голосующие акции). Цена акций долгое время не менялась и была очень низкой ( 4руб.) Но в 2011году завод произвел их переоценку и цена резко поднялась до 18.5руб за акцию. О полученном акционерами таким образом "доходе" депозитарий сообщил в налоговую инспекцию. А моему отцу осенью 2012 года пришло предписание из налоговой

с требованием уплатить огромную ( в сравнении с пенсией) сумму и штраф в тысячу рублей за просрочку и неподачу декларации. Доказать незаконность взыскания налога с несуществующего дохода как и свое неведение о нем отец не мог. Налог и штаф уплатили в полном обЪеме. Чтобы вернуть свои деньги отец продал акции в 2013 году по цене уже 22.1руб за штуку, а в январе 2014 года заполнил декларацию с целью заплатить налог 13% с разницы цен 18.5 в 2011году и 22.1-ценой продажи в 2013году. Но, к его удивлению и негодованию декларацию не приняли, потребовав уплатить 13% со всей суммы, т.е. 22.1руб за акцию. Мотивировали тем, что это видите ли разные доходы и в разные годы были получены!

Вопрос: законно ли был удержан налог и 2012 году и с какой суммы платить в 2014? Законно ли двойное налогообложение одного и того же дохода?