Добрый день у подруги муж работает в полиции не живут вместе давно, вчера она выпила он ночью приехал и вызвал

Здравствуйте, Дарья!
В данном случае, если муж подруги нанес ей побои, наиболее логичным вариантом будет написать заявление в Следственный комитет, поскольку именно они занимаются расследованием преступлений, совершенных сотрудниками органов внутренних дел.
Какой протокол имели в виду органы опеки мне непонятно.
В любом случае, лишить родителя  ребенка можно только по решению суда, поэтому пусть Ваша подруга не боится отставить свои права.