И правильно я понимаю, что хронический пиелонифрит даёт отсрочку?

Здравствуйте!

Законно ли это? Куда обращаться что б разобрались? Т.к скоро учения закончаться и их будут распределять в другие части, а это надо сделать до этого.

 Незаконно.Вначале приходит повестка о необходимости прибыть в военкомат. Далее в военкомате должна быт ь проведена военно-врачебная комиссия, чего судя по Вашей информации не было.Не могли везти на учения, не обеспечив проведение медкомиссии.

Следует написать жалобу в прокуратуру.

И правильно я понимаю, что хронический пиелонифрит даёт отсрочку?

Вполне возможно, но решение за медкомиссией. Если признают негодным, то не должны призывать.

Согласно ст.18 Федерального закона от 26.02.1997 N 31-ФЗ  «О мобилизационной подготовке и мобилизации в Российской Федерации» отсрочка от призыва на военную службу по мобилизации предоставляется гражданам:

2) признанным временно не годными к военной службе по состоянию здоровья — на срок до шести месяцев;