Добрый день, можно ли въехать в РБ по внутреннему российскому паспорту и вылететь за границу из Минска по израильскому паспорту или пересечь наземную границу с Литвой с израильским паспортом?

Это правило закреплено в статье 6 указанного выше Соглашения  «Об обеспечении равных прав граждан Российской Федерации и Республики Беларусь на свободу передвижения, выбор места пребывания и жительства на территориях государств — участников Союзного государства»

Граждане одной Стороны могут  выезжать в третьи государства с территории другой Стороны и выезжать из третьих государств на территорию другой Стороны при наличии действительных и оформленных в соответствии с законодательством государства гражданства документов для выезда за границу, если иное не предусмотрено международными договорами Сторон.

http://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_79643/abcf57d3f11a19a5a09d54b749117ed740f7618b/

Таким образом, как я выше написал, выехать из РБ а Литву по израильскому паспорту не получится

У вас в вашем случае есть достаточно простое решение

Оформляете российский загранпаспорт.

При наличии загранпаспорта- из России вы выезжаете  по российскому загранпаспорту, согласно ст. 6 «О порядке выезда из РФ и въезда в РФ», а далее, после пересечение российского ПКПП, уже используете израильский паспорт для въезда в Литву без визы