И как нам поступить в связи с тем, что сын получил повестку?

Здравствуйте! Сын во время обучения в бакаливриате брал академический отпуск на 1 год. Затем во время обучения в магистратуре также брал академический отпуск на 1 год. После окончания магистратуры поступил в аспирантуру. Сегодня отвёз справку об учёбе в аспирантуре в военкомат и там, изучив его личное дело, придрались к тому, что было всего 2 академических отпуска (ранее никаких проблем не было и отсрочка от армии до окончания магистратуры была предоставлена). В результате сыну выписали повестку - явиться в военкомат в октябре на сверку документов, несмотря на то, что он обучается в аспирантуре. Правильно ли я понимаю, что бакаливриат и магистратура - это разные образовательные программы и брать академический отпуск, сохраняя отсрочку от армии, можно и при учёбе в бакалавриате, и при учёбе в магистратуре? И как нам поступить в связи с тем, что сын получил повестку?