Здравствуйте!
Если работодатель компенсирует работнику уплаченные проценты по ипотечному кредиту, то их нельзя считать уплаченными за счёт собственных средств этого работника
Поэтому сотрудник не имеет право на имущественный вычет по процентам как в ИФНС, так и у работодателя.
Эта позиция подтверждается, в частности письмом Минфина России от 20.09.2016 № 03-04-05/54947.
В нём говорится, что :
имущественные налоговые вычеты, предусмотренные подпунктами 3 и 4 пункта 1 указанной статьи, не предоставляются в части расходов налогоплательщика на новое строительство либо приобретение на территории Российской Федерации жилого дома, квартиры, комнаты или доли (долей) в них, покрываемых за счет средств работодателей или иных лиц.
www.v2b.ru/documents/pismo-minfina-rf-ot-20-09-2016-03-04-05-54947/