Или это будет считаться жестоким обращением с животным?

Здравствуйте! Чтобы быть привлеченным к уголовной ответственности по ст. 245 УК РФ за жестокое обращение с животными, необходимо наличие такого субъективного признака, как совершение убийство животного их хулиганских побуждений. Если человек убил ворону в целях защиты себя или своего имущества, а не просто пострелять по воронам. То он не подлежит ответственности.

Верховный суд РФ указал:

Под уголовно наказуемыми деяниями, совершенными из хулиганских побуждений, следует понимать умышленные действия, направленные против личности человека или его имущества, которые совершены без какого-либо повода или с использованием незначительного повода.

У Вас речь идет о предприятии. В таком случаи должен быть заключен договор с санитарной службой на проведение обеспечительных мер по борьбе с  синантропной птицей либо мероприятия должны быть согласованы. От природоохраников могут поступить жалобы, если делать это самовольно и без согласования с властями.