Подскажите, каким образом можно отсрочить платёж оставшейся суммы?

Здравствуйте, Олеся! В первую очередь нужно руководствоваться условиями договора. Согласно статье 309 Гражданского кодекса Российской Федерации «обязательства должны исполняться надлежащим образом в соответствии с условиями обязательства и требованиями закона, иных правовых актов, а при отсутствии таких условий и требований — в соответствии с обычаями или иными обычно предъявляемыми требованиями».

Олеся,. добрый вечер!

Вопрос конечно непростой с точки зрения поиска компромисса между Вами и Вашим, я так понимаю уже бывшим Работодателем.
К сожалению, подробностей процедуры привлечения Вас к полной материальной ответственности не знаю.
Смею предположить, Работодатель основывался на  п. 3 ч. 1 ст. 243 «Умышленное причинение работодателю ущерба», когда возложил на Вас полную материальную ответственность. По общим правилам, при отсутствии отдельно заключенного договора о полной материальной ответственности работник будет нести ответственность только в пределах своего среднего месячного заработка (ст. 241 ТК РФ). Также, Работодателем был соблюден порядок согласно ст. 248 ТК РФ.

В Вашем случае, рекомендую постараться все таки найти точки соприкосновения и заключить к уже имеющемуся соглашению Дополнительное соглашение изменяющий порядок возврата размера ущерба, в котором обязательно зафиксировать, что 500 тыс. уже возвращены. (пример прилагаю).
Еще возможен так же вариант в судебном порядке, где можно будет выйти на мировое соглашение, условия которого удовлетворили бы стороны, либо будут установлены удержания согласно действующего законодательства.