Могу ли я как то это обжаловать?

Добрый вечер, Александр. 

Да, Вы можете подать такую Жалобу. 

Приказ МВД России от 20.02.2021 N 80
«Об утверждении Административного регламента Министерства внутренних дел Российской Федерации по предоставлению государственной услуги по проведению экзаменов на право управления транспортными средствами и выдаче водительских удостоверений»

325. Жалоба подается в экзаменационное подразделение, предоставляющее государственную услугу.
326. В случае если обжалуются решения руководителя (начальника) или заместителя руководителя (начальника) экзаменационного подразделения, предоставляющего государственную услугу, жалоба подается вышестоящему должностному лицу.
328. Жалоба на решение экзаменатора, принятого по результатам проведенного экзамена, рассматривается в течение 15 рабочих дней со дня ее регистрации комиссией, состоящей из не менее трех должностных лиц, состав которой определяется руководителем подразделения на региональном или районном уровнях.
В ходе рассмотрения жалобы комиссией изучается аудио-видеоинформация, полученная по результатам проведенного экзамена (при наличии). Хранение аудио-видеоинформации осуществляется до окончания рассмотрения жалобы, но не менее 1 года со дня ее регистрации.

Доброго времени суток.

Обжаловать решение сотрудника, принимающего экзамен в ГИБДД, вы вправе, руководствуясь положениями Административного регламента МВД РФ по представлению гос услуги..., утвержденного приказом №80 от 2021 года

324. Заявитель может обратиться с жалобой на решения и (или) действия (бездействия) должностных лиц органа, предоставляющего государственную услугу <2>, в соответствии со статьей 11.1 Федерального закона о предоставлении государственных услуг, в том числе через Единый портал.

Жалоба подается в экзаменационное подразделение. Далее ее рассматривают и могут удовлетворить.

Но будет ли она удовлетворена, зависит от видеозаписи складывающейся ситуации.

Дословно согласно ПДД знак 2.5

2.5 «Движение без остановки запрещено». Запрещается движение без остановки перед стоп-линией, а если ее нет — перед краем пересекаемой проезжей части. Водитель должен уступить дорогу транспортным средствам, движущимся по пересекаемой, а при наличии таблички 8.13 — по главной дороге.

Каких-либо иных вариантов проезд данного знака не содержат правила ДД.

Так что вы сделали правильно, пропустив ТС, двигающиеся по пересекаемой дороге. Когда их нет — вы вправе продолжить движение.  Правила не обязывают ждать несколько секунд.