Что я могу сделать юридически в данной ситуации?

С учетом моего первого ответа приведенного выше, далее:

 При восстановлении

Окончание академического отпуска это не  восстановление, восстановление на обучение происходит тогда, когда обучающийся был отчислен по основаниям указанным в законе, это положения  Федерального  закона  «Об образовании в Российской Федерации» от 29.12.2012 N 273-ФЗ и его статьи 62. Восстановление в организации, осуществляющей образовательную деятельность:

Из статьи 62 следует, что:

1. Лицо, отчисленное из организации..., имеет право на восстановление для обучения-http://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_140174/c6ea21bc0cc09f0e2c6658bfa953346aac4265e8/

Здесь же речь идет об окончании академического отпуска, при этом Вы не отчислялись в связи с его предоставлением, а оставались обучающейся.

Порядок предоставления академического отпуска, регулируется положениями указанными в Приказе Министерства образования и науки РФ т 13 июня 2013 года N 455  «Об утверждении Порядка и оснований предоставления академического отпуска обучающимся»:

6. Обучающийся в период нахождения его в академическом отпуске освобождается от обязанностей, связанных с освоением им образовательной программы в организации, и не допускается к образовательному процессу до завершения академического отпуска.

Далее я продолжу в следующем ответе ниже.

С учетом двух моих предыдущих ответов приведенных выше, теперь что касается этих вопросов:

мне сказали, что произшли изменения в программе и из-за разницы можно будет восстановиться снова на второй курс, а не сразу на третий.

Это незаконно… как я уже указал выше в предыдущем ответе, Вы не были отчислены со своего курса, и после окончания академического отпуска имеете полное право вернуться к обучению на своем курсе.

Что касается изменений в образовательной программе, то образовательная организация обязана создать Вам все необходимые условия для пересдачи промежуточной аттестации и текущей если это потребуется, чтобы  войти подготовленной в процесс обучения согласно введенным изменениям.

 это положения  Федерального  закона  «Об образовании в Российской Федерации» от 29.12.2012 N 273-ФЗ и его статьи Статья 28. Компетенция, права, обязанности и ответственность образовательной организации.

Из статьи 28 следует, что:

:

6. Образовательная организация обязана осуществлять свою деятельность в соответствии с законодательством об образовании, в том числе:

 1) обеспечивать реализацию в полном объеме образовательных программ, соответствие качества подготовки обучающихся установленным требованиям...;

 3) соблюдать права и свободы обучающихся...-http://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_140174/552097cad5942f36c9484dbde7ebf92db1f783f3/

Далее я продолжу в следующем ответе ниже.