Иностранный гражданин владеет автомобилем, соответственно, у него за год более двух административных

Здравствуйте!

Да, в данном случае въезд может быть не разрешен в силу  пункта 4 ст.26 Федерального закона «О правовом положении иностранных граждан в РФ».

 неоднократно (два и более раза) в течение трех лет привлекались к административной ответственности в соответствии с законодательством Российской Федерации за совершение административного правонарушения на территории Российской Федерации, — в течение трех лет со дня вступления в силу последнего постановления о привлечении к административной ответственности;

То есть МВД может вынести решение о запрете на въезд, а может и нет.

Каким образом в таком случае остальные миллионы иностранных граждан на территории РФ не подвергаются выдворению?

Решения о запрете на въезд МВД периодически выносит. Что касается «миллионов нарушителей»-это преувеличение