Здравствуйте, Анастасия.
В соответствии с Указом Президента РФ от 10.11.2007 N 1495 (ред. от 24.12.2021) «Об утверждении общевоинских уставов Вооруженных Сил Российской Федерации» (вместе с «Уставом внутренней службы Вооруженных Сил Российской Федерации», «Дисциплинарным уставом Вооруженных Сил Российской Федерации», «Уставом гарнизонной и караульной служб Вооруженных Сил Российской Федерации»)
1. По прибытии к месту командировки или отпуска каждый военнослужащий должен встать на учет у дежурного по военной комендатуре (в ближайшем военном комиссариате), а перед убытием к месту службы сняться с учета.
При удалении места пребывания военнослужащего от военной комендатуры или военного комиссариата свыше 10 км военнослужащий может встать на учет (сняться с учета) в органах государственной власти или органах местного самоуправления.
Военнослужащие, командированные в воинскую часть, становятся на учет в этой воинской части.
При постановке на учет и снятии с учета на командировочном удостоверении или на отпускном билете делается соответствующая отметка. Отметка о прибытии должна быть сделана не позднее следующего дня после прибытия, а об убытии — накануне или в день отъезда.
В этой связи, на мой взгляд, отсутствуют какие бы то ни было основания, указывающие на обязанность Вашего супруга вставать на учёт в военном комиссариате именно по месту своей регистрации.
Приведённая выше норма, к этому никак не обязывает. Он может встать на соответствующий учёт в военном комиссариате по месту Вашего нахождения.
Исходя из сухой логики, в случае командирования Вашего супруга, он должен был бы снача метнуться по месту своей регистрации, встать там на учёт, а уже затем, исполнять служебное задание.