Здравствуйте, Сергей Станиславович.
Начисление и выплата заработной платы в размере меньшем, чем законодательно установленный МРОТ, не является налоговым правонарушением.
Факт выплаты заработной платы ниже регионального прожиточного минимума или МРОТ может послужить основанием для вызова налогоплательщика в налоговый орган на заседание комиссии по легализации налоговой базы и базы по страховым взносам.
Это — для проверки правильности и своевременности отражения в налоговой и бухгалтерской отчетности недостоверных сведений; теневой зарплаты; несвоевременного перечисления НДФЛ, страховых взносов; работодателей, выплачивающих заработную плату ниже прожиточного минимума или МРОТ; работодателей, не оформляющих трудовые отношения с работниками, в результате чего занижается налоговая база по НДФЛ и база по страховым взносам.
Как указано в письме ФНС России от 19.03.2009 N 3-6-04/66, начисление и выплата заработной платы в размере меньшем, чем законодательно установленный МРОТ, не являются налоговым правонарушением, в результате совершения которого наступает ответственность по ст. 122 НК РФ.
Таким образом, выплата указанным Вами работникам заработной платы в размере, меньшем чем часть МРОТ, рассчитанного пропорционально фактически отработанному времени, сама по себе основанием для доначисления НДФЛ и страховых взносов не является.
В случае обнаружения такого факта и приглашения на комиссию, речь пойдет не о налоговых санкциях в отношении работодателя, а о побуждении его к самостоятельному уточнению налоговых обязательств, обязательств по страховым взносам и недопущению нарушений налогового законодательства в последующих периодах.
На требование налогового органа о представлении пояснений необходимо предоставить расчет начислений по выплатам работникам по перечисленным в требовании позициям, для устранения противоречий.