Ольга, здравствуйте.
Граждане, проходившие обучение в военной образовательной организации и отчисленные из нее, должны возместить средства федерального бюджета, затраченные на военную подготовку, исходя из расходов, произведенных военной образовательной организацией.
(п. 7 Постановления Правительства РФ от 25 июня 2007 г. N 402 «Об исчислении размера подлежащих возмещению средств федерального бюджета, затраченных на военную или специальную подготовку граждан РФ в военных образовательных учреждениях профессионального образования» )
К сожалению, то, что у вашего сына на настоящий момент нет источников дохода, не является основанием для освобождения его от оплаты. Скорее всего, ВУЗ подаст в суд, дальше исполнительное производство. Взыскание по исполнительному производству могут приостановить на время нахождения его в армии. Взыскание могут обратить не только на его зп, но другое имеющееся у него имущество, если оно есть — недвижимость, счет в банке