Насколько легитимны его действия?

Здравствуйте, она служит в одном из подразделений части, начальником лаборатории. И непосредственно подчиняется своему начальнику отделения. Которое в ходит в состав группы, которая является отдельным подразделением. Командир группы непосредственно подчиняется командиру части. Мне непосредственно никто из них не подчинён. У меня в непосредственном подчинении только офицеры моей службы. А т.к. я зам командира части то являюсь прямым начальником для всего личного состава части.

В данной ситуации нельзя однозначно говорить о конфликте интересов.

В «Методических рекомендациях по применению типовых ситуаций конфликта интересов в Вооруженных Силах Российской Федерации» (утв. Минобороны России 12.03.2015) раскрывается подобная ситуация: 

Ситуация N 1: Конфликт интересов, связанный с принятием
решений в отношении родственников и (или) иных лиц,
с которыми связана личная заинтересованность

1. Подполковник Ларионов является командиром воинской части. Его супруга ефрейтор Ларионова служит в этой же части в должности оператора узла связи штаба воинской части (рисунки N 1 — 4) (здесь и далее рисунки не приводятся).
Комментарий: В данной ситуации возможны несоблюдения Ларионовой общих требований, предъявляемых к военнослужащим. Так, супруга командира воинской части по договоренности с командиром воинской части может нарушать установленный распорядок дня, уходить раньше со службы, не выходить в определенные дни на службу, отсутствовать на мероприятиях боевой подготовки и т.д., а при распределении премии, несмотря на явные нарушения дисциплины, получить повышенное денежное вознаграждение.

Исходя из ст. 11 Положения о порядке прохождения военной службы

10. При назначении на воинские должности соблюдаются следующие условия:
з)военнослужащим, состоящим между собой в близком родстве (родители, супруги, дети, родные братья, родные сестры, а также родные братья, сестры, родители и дети супругов), не разрешается проходить военную службу в одной воинской части, если один из них непосредственно подчинен или непосредственно подконтролен другому;

В вашем случае нет непосредственного подчинения, поэтому можно исключить коррупционную составляющую.

К тому же, командир части нарушит требования федерального закона, так как при переводе Вашей супруги, он должен перевести и вас.

Если будут уточняющие вопросы, задавайте.

С уважением!