Здравствуйте, Михаил.
Неважно каким образом расторгается брак у Вас есть право определить место жительства детей по решению суда в районном суде.
Никак не влияет расторжение брака в мировом суде на право сторон в последующем определить место жительства ребенка.
То есть, я бы рекомендовал расторгнуть брак через суд в Мировом суде, а потом уже через какое-то время, например по достижении детьми 10 лет, когда учет их мнения будет обязателен, определить место жительства детей по суду.
Семейный кодекс
Статья 65. Осуществление родительских прав
3. Место жительства детей при раздельном проживании родителей устанавливается соглашением родителей.
При отсутствии соглашения спор между родителями разрешается судом исходя из интересов детей и с учетом мнения детей. При этом суд учитывает привязанность ребенка к каждому из родителей, братьям и сестрам, возраст ребенка, нравственные и иные личные качества родителей, отношения, существующие между каждым из родителей и ребенком, возможность создания ребенку условий для воспитания и развития (род деятельности, режим работы родителей, материальное и семейное положение родителей и другое).
Если даже в иске или в решении суда о расторжении брака будет написано, что спор по поводу месту жительства детей отсутствует, то это не лишает стороны права возбудить этот спор.
При этом, материальная сторона вопроса, в том числе жилищная обеспеченность при разрешении спора о месте жительства детей не играет решающего значения. Мать может снимать жилье.
Главное, это привязанность детей и их интересы.
С уважением! Г.А. Кураев
Поскольку детям уже есть по 10 лет, то можете иск сразу подать как только наладите отношения с детьми.