Вопрос Как можно наименее безболезненно уволиться с предприятия?

про меры поддержки и штраф указано и у вас в договоре — п.2.4 «з» — возмещение + двойной штраф от этой суммы

если есть основание по п.3.2- тогда можно не проходить этих 3 года работы, но попасть вы должны в строго указанные ситуации

А так в целом- стандартный на тот момент договор на целевое обучение.

Если к вам захотят применить современные нормы или принятые после момента подписания с вами целевого договора- смело письменно возражайте. Тут закон обратной силы не имеет- применяются нормы на дату заключения целевого договора — 2016 год.

Выше в своем первом ответе, я привел общие положения законодательства РФ и разъяснения.

Теперь что касается этих вопросов:

Поступил в МАИ по целевому обучению на специалитет (срок обучения 5 лет), целевой договор заключил в июле 2016 года с АО «ГосНИИП» по специальности 24.05.06. 

В таком случае следует в начале обратиться к тем положениям законодательства РФ, которые применимы к Вашему договору целевого обучения. и соответственно обязанностям принятым по нему, а применяется для этого то законодательство, которое действовало на момент заключения договора, даже если оно в последующем было отменено или изменено все равно применяется к договору именно это законодательство, следует это учитывать.

До 2019 года действовали 

Статья 56 Целевой прием. Договор о целевом приеме и договор о целевом обучении, по ссылке:http://zakon-ob-obrazovanii.ru...

И  постановление Правительства РФ от 27 ноября 2013 года N 1076 «О порядке заключения и расторжения договора о целевом приеме и договора о целевом обучении», можете с ним ознакомиться здесь:https://base.garant.ru/7051984...

В Вашей ситуации, если изменений в действующий договор не вносилось соответствующим дополнительным соглашением к нему согласно новому в дальнейшему принятому законодательству с 2019 года, то Вы несете лишь обязанность по возмещению мер поддержки и  штрафа в двукратном размере мер поддержки, именно такие условия были предусмотрены ранее действующим законодательством и порядком до 2019 года.

При этом данные требования  по возмещению мер поддержки и  штрафа в двукратном размере мер поддержки, Вам могут предъявить в случае неисполнения обязательств по отработке, если только они Вам  предоставлялись фактически с период Вашего обучения, если же нет, то взыскать с Вас будет попросту  нечего в таком случае.

Что касается расходов бюджета на обучение, и штрафа в их размере, то эта ответственность была введена начиная с 2019 года, и распространяется на договоры целевого обучения заключаемые с этого периода, т.е. штраф в размер мер поддержки, был заменен на штраф в размере расходов бюджета затраченных на обучение, поэтому я уточняю  у Вас, в каком конкретно годку Вы заключили договор целевого обучения.

Это  постановление Правительства РФ от 21 марта 2019 года N 302 «О целевом обучении по образовательным программам среднего профессионального и высшего образования и признании утратившим силу постановления Правительства Российской Федерации от 27 ноября 2013 г. N 1076», можете с ним ознакомиться здесь:https://docs.cntd.ru/document/...

С 2021 года принято уже иное новое постановление.

Но как я уже отметил выше, на Вас распространяется порядок действовавший до 2019 года.

Далее я продолжу в следующем ответе ниже.

С учетом моих двух предыдущих ответов, что касается этих вопросов:

На момент заключения договора было 17 лет. Во время обучения проходил учебные практики на предприятии и получал от них стипендии за хорошую учебу. На пятом курсе (январь 2021) пошел работать как стажёр на предприятие. Летом (август 2021) уволился как стажёр и тут же был устроен на полную ставку. Обязательно отработать по целевому 3 года.

Согласно пп. «д» п. 2.4. Вашего Договора, Вы несете обязанность по отработке в течении трех лет.

В пп. «з» п. 2.4 Договора указана ответственность по возврату мер социальной поддержки и штрафа в их двукратном размере, за невыполнении обязанности по трудоустройству по окончании обучения, т.е. заключению трудового договора и оформлению на работу, данное обязательство Вами уже было выполнено, т.е. Вы трудоустроились, а потому по этому подпункту ответственность не понесете.

Отдельный  подпункт «и» пункта 2.4. Договора, как раз касается   ответственности за невыполнении обязанности по отработке, в нем указана формулировка расходы на обучение, но в контексте применяемого законодательства к Вашему договору, это всё те же меры социальной поддержки вернее средства затраченные на их предоставление Вам в период обучения, и штраф в их двукратном размере.

К примеру: на предоставление мер социальной поддержки затратили 50 000 р., возврату подлежит эта сумма и ее двукратный размер т.е. 100 000 р., а все вместе составит ответственность в виде возврата 150 000 р.

Из чего следует, что если уважительных причин прямо закрепленных в пункте 3.2 Вашего Договора нет, Вам придется либо добровольно вернуть средства, либо с Вас их взыщут в судебном порядке, в случае расторжения трудового договора и увольнения до истечения трехлетнего периода отработки.