Считаю требование опеки в части выделения по 1/3 доли каждому в квартире 3 необоснованным

Правильно понимаю, что мои доводы имеют вес в т.ч. и для суда? Так как у них сейчас по 1/5 (доли выделены по рекомендации органов опеки) в квартире 2, то и их деньгами я воспользовался без обязательств перед ними (дополнительно ничего выделять не должен)?

Да правильно. Суд будет учитывать все обстоятельства, начиная от использования средств материнского капитала при приобретении другой квартиры, и заканчивая нынешним имущественным положением детей, если ухудшающих их права фактов не имеется, разрешение опеки в части обязательного определения рассматриваемых долей, могут признать необоснованным.

Данный вопрос регулирует ст.37 Гражданского кодекса РФ. 

В частности п.2 ст.37 ГК РФ

Опекун не вправе без предварительного разрешения органа опеки и попечительства совершать, а попечитель — давать согласие на совершение сделок по отчуждению, в том числе обмену или дарению имущества подопечного...

Это первая ваша сделка по продаже квартиры 1.

Вам опека дает предварительное разрешение на продажу квартиры с зачислением денежных средств на отдельный счет и обмен долями в квартире 2 в зачет долей детей в квартире 1.

Между тем, денежные средства детей как лежали на расчетном счете, так и лежат и являются их доходами.

Далее читаем п.1 ст.37 ГК РФ.

Опекун или попечитель распоряжается доходами подопечного, в том числе доходами, причитающимися подопечному от управления его имуществом, за исключением доходов, которыми подопечный вправе распоряжаться самостоятельно, исключительно в интересах подопечного и с предварительного разрешения органа опеки и попечительства.

Теперь вы получаете предварительное разрешение на снятие денежных средств в целях распоряжения ими в своих интересах.

Вот тут опека и начинает понимать, что при даче первого разрешения не учли, что деньги то детей отношения к обмену долями в квартире 2 не имеют, но свою ошибку конечно не признают.

Вы поторопились провести сделку по квартире 2. Нужно было ее приурочить к снятию денежных средств с отдельных счетов.

Взамен их снятия и распоряжения ими вы бы и провели обмен долями в квартире 2.

Теперь ситуация сложная. Не могу гарантировать, что суд встанет на вашу сторону. 

Что касается суда, коллега выше пояснил.