Получается, что я просто помогла ему с выплатами на 400 тысяч?

В случае раздела имущества, приобретенного супругами с использованием средств материнского капитала, применяются не только положения ст. ст. 38, 39 СК РФ, но и ч. 4 ст. 10 Закона N 256-ФЗ «О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей». В силу ч. 4 ст.10 Федерального закона от 29 декабря 2006 г. N 256-ФЗ жилое помещение, приобретенное (построенное, реконструированное) с использованием средств (части средств) материнского (семейного) капитала, оформляется в общую собственность родителей, детей (в том числе первого, второго, третьего ребенка и последующих детей) с определением размера долей по соглашению.  Средства материнского капитала не являются совместно нажитым имуществом супругов и не могут быть разделены между ними, поэтому дети признаются участниками долевой собственности на объект недвижимости, приобретенный с использованием средств материнского капитала. Тем более, что при использовании материнского капитала  вы должны были оформить письменное обязательство об оформлении квартиры в общую собственность членов своей семьи после погашения ипотеки. В данной ситуации вам следует в судебном порядке добиваться выделения доли вам и ребенку.

Здравствуйте, Ольга!

Согласно ФЗ№256 «О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей»

4. Лицо, получившее сертификат, его супруг (супруга) обязаны оформить жилое помещение, приобретенное (построенное, реконструированное) с использованием средств (части средств) материнского (семейного) капитала, в общую собственность такого лица, его супруга (супруги), детей (в том числе первого, второго, третьего ребенка и последующих детей) с определением размера долей по соглашению.

 При определении долей в квартире, сумма материнского капитала делится в равных частях   между   супругами и  детьми,    с  учетом этого  вклада  будут определены   доли  каждого  в квартире.

 А как быть с материнского капиталом? Получается, что я просто помогла ему с выплатами на 400 тысяч?

При разделе имущества,  Вы вправе претендовать на долю в квартире с учетом раздела  суммы   материнского капитала. 

Как пример из судебной практике

Таким образом, принимая во внимание, что 1 700 000 руб. являются личными денежными средствами З.Е.Г., а 750 000,20 руб. — общими денежными средствами супругов, подлежащими разделу в равных долях (по 375 000,1 руб. на каждого супруга); 658 800 руб. – социальная выплата, которая подлежит разделу на троих членов семьи (З.Д.Д., З.Е.Г., З.Д.С. (по 219 600 руб. на каждого); 408 690,50 руб. – средства материнского капитала , которые подлежат разделу , как на супругов, так и на двоих несовершеннолетних детей (по 102 240,13 руб. на каждого), то с учетом вклада каждого из участников, суд определяет доли в квартире следующим образом: за З.Е.Г. следует признать право собственности на 12/25 доли в праве общей долевой собственности; за З.Д.С. – 6/20 доли; за З.Д.Д. – 45/1000 доли; за З.Д.Д. – 23/1000 доли в праве общей долевой собственности на спорное жилое помещение.

Более подробно по ссылке https://sudact.ru/regular/doc/...

Но я никак не могу затребовать возврат этих средств, чтобы приобрести квартиру, в которой именно мы с ребенком будем проживать?

Затребовать  возврат всех средств материнского капитала не сможете, а вот  претендовать на часть вправе.