Здравствуйте, Евгений! В Законе РФ \«О праве граждан РФ на свободу передвижения, выбор места пребывания и жительства в пределах РФ\» имеются неопределенности, одна из которых — что считать местом пребывания? Место пребывания не определено: \«Место пребывания — (следует перечисление, так называемых, мест пребывания) ..., а также жилое помещение, не являющееся местом жительства гражданина (здесь можно было бы поставить точку, однако ...), — в котором он проживает временно\» (статья 2 названного закона).
Фактическое проживание (постоянное проживание можно опустить, а держать у себя (для себя) в уме, при этом считать временным проживание в одной \«А\» собственной квартире и другой \«Б\» собственной (с долью в) квартире) — проживание в квартире одного города. Регистрация (регистрационный учет для отделения ФМС России) по месту пребывания в квартире \«Б\» не требуется.
В различных (в данном случае в двух) муниципальных районах (большого) города находятся районные отделения ФМС России. Регистрация (регистрационный учет для ...) адреса квартиры \«А\» данного города на Ваше имя уже имеет место в данном городе. Если в городе, допустим N, не два, а одно отделение ФМС России, тогда с двумя адресами квартир на одно имя они (в этом отделении) и сами запутаются.