Здравствуйте.
Нет вы не должны учитывать работников на НПД (самозанятых) при расчете средней численности работников.
Разъяснения даны в Письме Минфина России от 5 ноября 2020 г. N 03-11-11/96015 https://www.garant.ru/products...
Согласно п. 81… приказ Росстата от 27.11.2019 N 711)
… в среднюю численность работников, выполнявших работу по договорам гражданско-правового характера, не включаются лица, применяющие специальный налоговый режим «Налог на профессиональный доход» (далее — НПД).
Таким образом, индивидуальный предприниматель — налогоплательщик ПСН, использующий труд наемных работников, применяющих НПД, с которыми заключены договоры возмездного оказания услуг, при определении средней численности наемных работников за налоговый период в целях соблюдения ограничения, установленного пунктом 5 статьи 34643 Кодекса, не должен учитывать таких работников.