Здравствуйте!
Право на отсрочку от призыва на военную службу имеют граждане, обучающие по очной форме обучения; граждане, получившие во время обучения академический отпуск или перешедшие в той же образовательной организации с одной образовательной программы на другую либо переведенные в другую образовательную организацию для освоения программы того же уровня (абзац тринадцатый подпункта «а» пункта 2 статьи 24 Федерального закона от 28.03.1998 N 53-ФЗ "О воинской обязанности и военной службе").
В этой связи, если Ваш сын заберет документы и отчислится из образовательной организации, он не будет иметь права на отсрочку до момента зачисления в другую образовательную организацию (конечно, если не имеется иных оснований для отсрочки).