Тимур, здравствуйте.
Обязанности сообщать командованию о подаче обращений у вас нет.
Во-первых, в соответствии со ст. 33 Конституции Российской Федерации граждане Российской Федерации имеют право обращаться лично, а также направлять индивидуальные и коллективные обращения в государственные органы и органы местного самоуправления. При этом никто не вправе ограничивать их в этом конституционном праве, вы не у кого не обязаны спрашивать разрешения на подачу жалобы или уведомлять, что собираетесь ее подать.
Во-вторых, статьей 2 Федерального закона «О порядке рассмотрения обращений граждан Российской Федерации» (далее — Закон) предусмотрено, что граждане реализуют свое право на обращение в органы государственной власти свободно и добровольно. При этом из статьи 6 Закона прямо следует, что преследование гражданина в связи с его обращением в государственные органы, органы местного самоуправления или к должностному лицу в целях восстановления или защиты своих прав, свобод и законных интересов запрещается.
Если командование предъявило вам претензии в связи с вашим обращением в Администрацию Президента Российской Федерации и собирается привлечь вас за это к дисциплинарной ответственности, то вы вправе обратиться за защитой в органы военной прокуратуры.
Жалобу на командование вы можете подать, в частности, через интернет-приемную Главной военной прокуратуры, сот ссылка на нее:
https://gvp.gov.ru/mgvp/recept...