Добрый день. В соответствии с ФЗ «О государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей», ст. 22.3
11. В случае аннулирования документа, подтверждающего право иностранного гражданина либо лица без гражданства временно или постоянно проживать в Российской Федерации, или окончания срока действия указанного документа государственная регистрация данных гражданина либо лица в качестве индивидуального предпринимателя утрачивает силу со дня аннулирования указанного документа или окончания срока его действия.
http://www.consultant.ru/docum...
В принципе у Вас это и произошло. Не замена РВП на ВНЖ, а получение ВНЖ как самостоятельная процедура.
Что касается обжалования на указываемом Вами основании, что вместо РВП появился ВНЖ( повторю свое мнение, что ВНЖ появился не вместо РВП, а как отдельное решение), то практика далеко не однозначна. Есть решения суда и в пользу ИП https://sudact.ru/arbitral/doc... и отрицательная для ИП https://sudact.ru/arbitral/doc... где был отказ.
На мой взгляд наиболее оптимальным и быстрым является регистрация в качестве нового ИП на основании ВНЖ. Это даст возможность работать без рисков. Далее, при желании, можете пробовать обжаловать решение ФНС. При этом обязательно учтите данные судебных актов по ссылкам.
С уважением Евгений Беляев