Услуги от ИП в Казахстане (НДС)

Тимур, здравствуйте.

 Поясните предмет договора. Были ли там предусмотрены просто работы, услуги по разработке программ для ЭВМ, либо договоры были на разработку программного продукта и передачу на него исключительных прав?

Если первый вариант, то да, обе орагнизации будут налоговым агентом по НДС. В соответствии с пп. 1 п. 1 ст. 146 Налогового кодекса РФ объектом налогообложения по НДС признаются операции по реализации товаров (работ, услуг) на территории РФ. Согласно п. 2 ст. 72 Договора о Евразийском экономическом союзе(далее — Договор о ЕАЭС) взимание косвенных налогов, в том числе налога на добавленную стоимость, при выполнении работ, оказании услуг осуществляется в государстве-члене, территория которого признается местом реализации работ, услуг, в порядке, предусмотренном Приложением N 18 к Договору о ЕАЭС. Подпунктом 4 п. 29 Приложения N 18 к Договору о ЕАЭС предусмотрено, что местом реализации работ, услуг признается территория государства-члена, если налогоплательщиком этого государства-члена приобретаются, в частности, услуги по разработке программ для ЭВМ. Таким ораазом, в вашем случае, территоря оказания услуг будет РФ, следовательно услуги подлежат обложению НДС. Согласно п. 2 ст. 161 НК РФ налоговыми агентами признаются организации и индивидуальные предприниматели, состоящие на учете в налоговых органах, приобретающие на территории РФ товары (работы, услуги) у иностранных лиц, не состоящих на учете в налоговых органах в качестве налогоплательщиков. При этом система налогообложения значения не имеет.

В то же время, ст. 149 НК РФ предусмотрено освобождение от НДС при передаче: 

26) исключительных прав на изобретения, полезные модели, промышленные образцы, программы для электронных вычислительных машин, базы данных, топологии интегральных микросхем, секреты производства (ноу-хау), а также прав на использование указанных результатов интеллектуальной деятельности на основании лицензионного договора;

Таким образом, если у вас был заключен лицензионный договор на передачу исключительных прав на сайт,  то в этом случае российсикие ООО налоговым агентом по НДС не будут

Добрый день! 

Должны ли мы платить НДС с этих платежей?

Да, должны согласно п. 2 ст. 161 НК РФ поскольку в Вашем случае заключен договор "по разработке веб-сайтов, веб-сервисов, программного обеспечения". 
Вам нужно заключить договор с иным предметом, чтобы получить.  освобождение от НДС. А именно лицензионный договор: 

Статья 1235. Лицензионный договор

1. По лицензионному договору одна сторона — обладатель исключительного права на результат интеллектуальной деятельности или на средство индивидуализации (лицензиар) предоставляет или обязуется предоставить другой стороне (лицензиату) право использования такого результата или такого средства в предусмотренных договором пределах.

То есть ИП должен не разработать ПО, а передать Вам права на него. 

Тимур,  добрый день!

У нас не заключен договор с ним, а есть оферта (в приложении).

Будет ли достаточно, если он в акте (закрывающий документ) просто напишет «Передача исключительных прав на ПО для сайта и т д

В соответствии с действующей редакцией  с п.п. 26 п. 2 ст. 149 НК РФ не подлежит налогообложению (освобождается от налогообложения) реализация (а также передача, выполнение, оказание для собственных нужд) на территории РФ исключительных прав на изобретения, полезные модели, промышленные образцы, программы для электронных вычислительных машин, базы данных, топологии интегральных микросхем, секреты производства (ноу-хау), а также прав на использование указанных результатов интеллектуальной деятельности на основании лицензионного договора.   

В связи с этим освобождение от налогообложения налогом на добавленную стоимость таких операций применяется только при наличии лицензионного договора или сублицензионного договора, в отношении которого на основании пункта 5 статьи 1238 Гражданского кодекса Российской Федерации применяются правила Гражданского кодекса Российской Федерации о лицензионном договоре.

 В случае осуществления вышеуказанных операций в рамках иных договоров,в том числе смешанных, включающих отдельные элементы лицензионных договоров, заключенных в письменной либо иной форме, данные операции подлежат налогообложению налогом на добавленную стоимость в общеустановленном порядке. (Письмо Департамента налоговой и таможенной политики Минфина России от 27 ноября 2018 г. N 03-07-07/85571)

В  Вашем случае если интернет-сайт – компьютерная программа создается по договору   как объект прав по заказу, необходимо обязательно указывать в договоре на  передачу исключительных  прав на использование результатов интеллектуальной деятельности  (сайт).
С 1 января 2021 года норма пп. 26 п. 2 ст. 149 НК РФ будет действовать в новой редакции. Освобождаться от НДС будет реализация прав только на те программы для ЭВМ и базы данных, которые включены в Единый реестр российских программ для ЭВМ и баз данных.

Федеральный закон от 31 июля 2020 г. № 265-ФЗ “О внесении изменений в часть вторую Налогового кодекса Российской Федерации”
в пункте 2 статьи 149:
а) подпункт 26 изложить в следующей редакции:
«26) исключительных прав на программы для электронных вычислительных машин и базы данных,включенные в единый реестр российских программ для электронных вычислительных машин и баз данных, прав на использование таких программ и баз данных (включая обновления к ним и дополнительные функциональные возможности), в том числе путем предоставления удаленного доступа к ним через информационно-телекоммуникационную сеть „Интернет“.

С учетом изложенного,  после 1.01.2021 г. воспользоваться положениями пп.26 ст.149 НК РФ  для вашей ситуации  будет невозможно (по моему мнению). Т.е. целесообразно завершить сделку в  2020 г., внеся соответствующие изменения в договор.