Какие мои дальнейшие действия?

Здравствуйте, Екатерина.

Какие мои дальнейшие действия? Направить возражения? Но в суд пока иск не поступал.

Вы указываете все верно, вам следует направить возражения после принятии иска судом к рассмотрению, согласно ГПК РФ Статья 149. Действия сторон при подготовке дела к судебному разбирательству. Тем более, что 

У меня на данный момент отсутствует задолженность, более того есть переплата.

ВЫ указали так же 

О пенях с 2014 года я узнала только из судебного приказа.Я согласна оплатить пени за последние три года, а не с 2014 года, как заявлено в иске.

Согласно ГК РФ Статья 199. Применение исковой давности 

1. Требование о защите нарушенного права принимается к рассмотрению судом независимо от истечения срока исковой давности.

2. Исковая давность применяется судом только по заявлению стороны в споре, сделанному до вынесения судом решения.

Истечение срока исковой давности, о применении которой заявлено стороной в споре, является основанием к вынесению судом решения об отказе в иске. Поэтому вам нужно будет обязательно об этом заявить суду.
Если у  вас остались невыясненными вопросы, либо вы желаете получить по ним разъяснения, или вас интересует иной вопрос,  либо вы намерены заказать составить какой-либо документ,  вы можете обратиться  в чат за получением ответов на ваши вопросы, либо за составлением документов.  По правилам сайта услуги в чате оказываются как на.платной, так и на бесплатной основе