Здравствуйте, Наталия.
Лишить вас части основного ежегодного оплачиваемого отпуска, если вы брали в течение года отпуск без сохранения заработной платы, работодатель не может, поскольку природа данных отпусков различная. Основной отпуск копиться, пока вы работаете и даже дни отпуска без сохранения заработной платы входят в стаж работы, дающий право на ежегодный основной оплачиваемый отпуск (если отпуск без сохранения заработной платы составляет менее 14 дней в год — ст. 121 Трудового кодекса РФ). Отпуск без сохранения заработной платы — это период вашего отсутствия на работу, вызванный личными или семейными обстоятельствами, установленный по соглашению с работодателем (ст. 128 Трудового кодекса РФ).
Если вы, например, взяли 5 дней без содержания, и эти 5 дней работодатель вычитает из вашего основного отпуска — он не прав. Такие действия будут законны, если эти 5 дней вам выделили как отпуск вне графика, т.е. оформили как основной отпуск.