Я с другой сестрой прописаны на этом участке
Не совсем понятно формулируете… Вы (вероятно) прописаны всё же не на участке (такой прописки нет), а в некоем жилом помещении, расположенном на участке.
На участке есть колодец. Какие права пользования мы с сестрой имеем?
В данном случае колодец является общим, Вы имеете право им пользоваться.
И имеет ли право сестра -собственник оформить на себя колодец и оставить нас без него?
Оформить на себя колодец не получиться. Можно оформить на себя только земельный участок, на котором расположен такой колодец. При этом, запретить Вам пользоваться колодцем не может даже собственник участка. В частности действуют правила сервитута:
Статья 274. Право ограниченного пользования чужим земельным участком (сервитут)
1. Собственник недвижимого имущества (земельного участка, другой недвижимости) вправе требовать от собственника соседнего земельного участка, а в необходимых случаях и от собственника другого земельного участка (соседнего участка) предоставления права ограниченного пользования соседним участком (сервитута).
Сервитут может устанавливаться для обеспечения прохода и проезда через соседний земельный участок, строительства, реконструкции и (или) эксплуатации линейных объектов, не препятствующих использованию земельного участка в соответствии с разрешенным использованием, а также других нужд собственника недвижимого имущества, которые не могут быть обеспечены без установления сервитута.