Здравствуйте, Рустам.
Действительно, согласно ст.105.1 Налогового кодекса РФ взаимозависимыми лицами признаются, в том числе, физическое лицо и организация в случае, если такое физическое лицо прямо и (или) косвенно участвует в такой организации и доля такого участия составляет более 25 процентов.
То есть Вы и ООО в настоящее время взаимозависимые лица, но распространять этот статус на прошлые отношения нет никаких оснований, так как согласно той же статье для признания наличия взаимозависимости нужно, чтобы особенности отношений между лицами могли оказывать влияние на условия и (или) результаты сделок, совершаемых этими лицами, и (или) экономические результаты деятельности этих лиц.
Поскольку на момент совершения Вами в прошлом сделок ни Вы, ни ООО никак не могли повлиять на условия или результаты сделок, то ретроспективно нельзя применить к Вашим отношениям положения о взаимозависимости. Они будет применяться только к будущим сделкам.
С уважением, Роман.