Усн ДОХОДЫ - РАСХОДЫ

Добрый вечер!
В ноябре 2016 года регистрировалась компания по системе налогообложения УСН ДОХОДЫ. 5 декабря 2016 года подавалось заявление о переходе на систему УСН ДОХОДЫ — РАСХОДЫ. Заявление направлялось почтой. Декларации по Обществу сдавались и принимались налоговой за 2017, 2018, 2019 года по системе ДОХОДЫ-РАСХОДЫ.
В 2018 году была зарегистрирована онлайн-касса, которая прошла фискализацию также по признаку ДОХОДЫ — РАСХОДЫ. Все чеки передаются с данным признаком.
Генеральный директор Общества в декабре 2018 году вызывался в камеральный отдел для уточнения прочих вопросов. Один из них заключался в том, что ФНС потеряли нашу декларацию за 1 квартал 2017 года. Привозил дополнительно и повторно. В декларации ДОХОДЫ — РАСХОДЫ. Никаких претензий по сдаваемой отчётности и типу налогообложения не было. Также ФНС запрашивала документы по одному из контрагентов, все было выполнено в срок.
На прошлой неделе мы получаем требование за 2019, 2018 и 2017 годы, что мол почему вы сдаете ДОХОДЫ — РАСХОДЫ, если у вас ДОХОДЫ? Ждем на днях акт за три года и думаем как быть дальше.
К сожалению, но заявления о переходе на ДОХОДЫ — РАСХОДЫ с 2016 года не сохранилось. Есть только наш экземпляр заявления (без отметки ФНС) и опись с квитанцией от почты, что на почтовый адрес инспекции мы данное заявление направляли. У налоговой, разумеется этих документов нет.
Также не совсем понимаю как нам зарегистрировали кассу в 2018 году и не сказали, что у вас ДОХОДЫ?
Подскажите, пожалуйста, как нам быть и что лучше предпринять в сложившейся ситуации?
Расходы наши действительно являются расходами и это не занижение базы. Есть все акты, все документы.
Спасибо.