Скажите, как мне правильно себя вести в данной ситуации?

Проблема в том, что если письменный порядок уведомления не был соблюдён, то все эти переписки и согласования не будут иметь никакого значения. Вам нужно будет заново отправлять письменное заявление и ждать 2 недели. Либо доказывать, что уведомление об увольнении было доставлено уполномоченным лицам организации-работодателя в форме электронного сообщения, но для этого может потребоваться обращение в суд и долгий непростой судебный процесс

Уточнения к вопросу делаются в форме уточнения, а не в форме минусов.

Вы правы, что увольнение по соглашению сторон возможно и одним днём. Но согалшение сторон потому так и называется, что для этого нужно соглашение. Если такового соглашения нет, то Вы не можете утверждать, что с кем-то о чём-то договорились

Поэтому варианта у Вас три:

— продолжать переговоры и согласования до победного конца

— направить сейчас письменное заявление о расторжении трудового договора и отработать еще 2 недели

— прекратить работу уже сейчас, ссылаясь на то, что Вы уведомили работодателя об увольнении в надлежащий срок 14.10.2020 года. Если работодатель не будет согласен с этим, то Вас могут уволить по негативным основаниям, в таком случае Вам в суде нужно будет доказывать, что вы уволились по собственному желанию

29.10.2020г. в день увольнения, договоренности до HR не были донесены и процедура была перенесена на 02.11.2020г.

Если день увольнения был оговорен именно 29.20.2020 года соглашением сторон и условия такого увольнения, и этому имеются соответствующие доказательства, в частности переписка и письма, Вы были  вправе требовать оформления увольнения этой датой и выполнения достигнутых договоренностей по соглашению.

Оформление происходит на основании соглашения сторон об увольнении в порядке статьи 78 Трудового кодекса РФ, при соблюдении общих требований указанных в статье ТК РФ Статья 84.1. Общий порядок оформления прекращения трудового договора - http://www.consultant.ru/docum...

02.11.2020г. в соглашение не включили выплату части задолженности, ccылаясь на то, что итоговый отчет еще не готов и намерено принуждая меня к подписанию документа без включения данных обязательств.

Задолженность по заработной плате, если о ней речь, должна быть погашена перед Вами в силу закона независимо включено такое условие в соглашение или нет, обязательные нормы закона не зависят от условий соглашения и подлежат неукоснительному исполнению со стороны работодателя, в силу положений статьи 84.1 Трудового кодекса РФ и статьи 140 Трудового кодекса РФ.

Другое дело когда речь идет о дополнительных помимо обязательных выплатах, такие выплаты да, в обязательном порядке должны быть включены в условия соглашения об увольнения.

ТК РФ Статья 84.1. Общий порядок оформления прекращения трудового договора

В день прекращения трудового договора работодатель обязан .... произвести с ним расчет в соответствии со статьей 140 настоящего Кодекса.

‪На 16:00 включение Q3 cогласовано, но соглашение теперь будет готово только к четвергу.‬

Очевидное, намеренное затягивание процесса, зная, чит меня ждут на новом месте с 2.11.2020г.

Эскалировала до президента компании.

Далее последовали письма в мессенджер от исполнительного директора, о том, что я должна до согласования появляться в офисе, несмотря на приказ об удалённой работе до конца года, что согласование затянется ещё на неделю и т.д.

Скажите, как мне правильно себя вести в данной ситуации? Как зафиксировать увольнение?

На мой взгляд условия соглашения об увольнении в Вашем случае, если изначально еще первая переписка подтверждает факт того что стороны достигли этих условий, дает Вам право требовать увольнения по соглашению сторон с периода 29.20.2020 года, а значит Вы вправе подать письменное заявление требование с указанием данных условий работодателю, и ссылаясь на имеющиеся у Вас доказательства, приложить свой проект соглашения с теми условиями по которым договоренность уже была достигнута и имеются доказательства этого, указать что в случае отказа Вы будете вынуждены обратиться в суд.

Вот пример пошаговых разъяснений Роструда РФ по официальной ссылке:

Действия работодателя при расторжении трудового договора по соглашению сторон

https://онлайнинспекция.рф/ins...

Во вложении к ответу типовая форма такого соглашения рекомендованная Рострудом РФ.