Как уведомить налоговую о выходе участника ООО если гендиректор этого не сделал?

ООО уже находится в стадии ликвидации, а ген. директор, судя по всему, сам подал форму Р34001 о том, что он не является ген. директором (уволил сам себя)

Вам это тоже нужно сделать. Нынешнее состояние ООО вам этого сделать не помешает.

Иначе на вас распространятся негативные последствия в виде запрета в течении 3 лет быть директором или учредителем ООО в случае ликвидации ООО. Можете посчитать по ссылке, что я привел.

Почитайте ст. 21 ФЗ «О госрегистрации юр.лиц и ИП»

ООО уже находится в стадии ликвидации, а ген. директор, судя по всему, сам подал форму Р34001 о том, что он не является ген. директором (уволил сам себя)

В суде можно ходатайствовать о запрете на внесение сведений о ликвидации, исключении компании из ЕГРЮЛ, как обеспечительную меру.

Аналогичные примеры судебной практики:

Постановление Арбитражного суда Уральского округа от 31.05.2017 N Ф09-1315/17 по делу N А76-16820/2016

"… Кханбхай Е.О. 10.05.2016 вручила генеральному директору общества заявление о выходе из общества от 25.04.2016 N 1-561, оформленное в нотариальном порядке.

Изменения в ЕГРЮЛ о составе участников общества в связи с выходом истца из общества не внесены.
Оценив в совокупности все представленные в материалы дела доказательства по
правилам, предусмотренным ст. 65, 71 Арбитражного процессуального кодекса Российской Федерации, установив, что документы для государственной регистрации изменений, связанных с выходом истца из общества, в установленный указанной нормой срок в регистрирующий орган не представлены, а изменения сведений в составе участников не зарегистрированы в ЕГРЮЛ, доказательств обратного не представлено, а также учитывая, что неисполнение обществом указанной обязанности является фактическим нарушением прав выбывшего участника общества и может повлечь для него неблагоприятные последствия, поскольку до государственной регистрации соответствующих изменений бывший участник общества будет восприниматься неопределенным кругом лиц в качестве полноправного и действительного участника общества, в связи с чем суды правомерно удовлетворили исковые требования Кханбхай Е.О. к обществу Ювелирная компания «Брусника».

Также:

Постановление ФАС Московского округа от 18.09.2013 по делу N А40-153389/12-138-1469

Таким образом, поскольку факт уведомления общества истцом о выходе его из состава участников подтвержден материалами дела и не оспорен заинтересованными лицами, а доказательства подачи заявления в регистрирующий орган о государственной регистрации изменений в сведения ЕГРЮЛ, связанных с выходом Лилейкина В.В. из состава участников общества, отсутствуют и ответчиком представлены не были, то судебная коллегия находит, что именно на ответчике лежит обязанность исполнить требования истца, касающиеся приведения содержащихся в ЕГРЮЛ сведений о составе участников ООО «Союз-Неруд» в соответствие с фактическими обстоятельствами по делу..."