Хотелось бы узнать какие права есть у человека прописанного в муниципальной квартире, но при этом является собственником ипотеки и зарегистрирован там же(в ипотечной квартире)?

Быть зарегистрированном можно только в одной из квартир. Если он прописан в муниципальной квартире это никаким образом не влияет на то что у него есть квартира в собственности. Сейчас можно иметь  и не одну квартиру.  Но быть зарегистрированным можно только в одной. Причём если он выписался из муниципальной квартиры и там никто не остался еще прописанным, то такая квартира отойдет городу. Ст. 83 ЖК РФ.

Здравствуйте!

Постоянно зарегистрированные в муниципальной квартире лица вправе владеть и пользоваться данной квартирой на основании договора социального найма. Кроме того, если указанные лица не участвовали в приватизации, за исключением участия в несовершеннолетнем возрасте, такие лица иметь право на участие в приватизации совместно с остальными постоянного зарегистрированными лицами.

Согласно Закона РФ «О приватизации жилищного фонда в Российской Федерации» от 04.07.1991 N 1541-1

Статья 2. Граждане Российской Федерации, имеющие право пользования жилыми помещениями государственного или муниципального жилищного фонда на условиях социального найма, вправе приобрести их на условиях, предусмотренных настоящим Законом, иными нормативными правовыми актами Российской Федерации и нормативными правовыми актами субъектов Российской Федерации, в общую собственность либо в собственность одного лица, в том числе несовершеннолетнего, с согласия всех имеющих право на приватизацию данных жилых помещений совершеннолетних лиц и несовершеннолетних в возрасте от 14 до 18 лет.
(часть первая в ред. Федерального закона от 16.10.2012 N 170-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

Жилые помещения, в которых проживают исключительно несовершеннолетние в возрасте до 14 лет, передаются им в собственность по заявлению родителей (усыновителей), опекунов с предварительного разрешения органов опеки и попечительства либо по инициативе указанных органов. Жилые помещения, в которых проживают исключительно несовершеннолетние в возрасте от 14 до 18 лет, передаются им в собственность по их заявлению с согласия родителей (усыновителей), попечителей и органов опеки и попечительства.
(часть вторая введена Федеральным законом от 11.08.1994 N 26-ФЗ; в ред. Федерального закона от 28.03.1998 N 50-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

В случае смерти родителей, а также в иных случаях утраты попечения родителей, если в жилом помещении остались проживать исключительно несовершеннолетние, органы опеки и попечительства, руководители учреждений для детей-сирот и детей, оставшихся без попечения родителей, опекуны (попечители), приемные родители или иные законные представители несовершеннолетних в течение трех месяцев оформляют договор передачи жилого помещения в собственность детям-сиротам и детям, оставшимся без попечения родителей. Договоры передачи жилых помещений в собственность несовершеннолетним, не достигшим возраста 14 лет, оформляются по заявлениям их законных представителей с предварительного разрешения органов опеки и попечительства или при необходимости по инициативе таких органов. Указанные договоры несовершеннолетними, достигшими возраста 14 лет, оформляются самостоятельно с согласия их законных представителей и органов опеки и попечительства.
(часть третья в ред. Федерального закона от 28.03.1998 N 50-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

Оформление договора передачи в собственность жилых помещений, в которых проживают исключительно несовершеннолетние, проводится за счет средств собственников жилых помещений, осуществляющих их передачу.

Наличие в собственности другого жилого помещения, которое приобретено по возмездной сделке, не влияет на право участвовать в приватизации