Здравствуйте Наиль!
Данные действия вашего руководителя незаконны.
Статья 140. Сроки расчета при увольнении[Трудовой кодекс РФ] [Глава 21] [Статья 140]
При прекращении трудового договора выплата всех сумм, причитающихся работнику от работодателя, производится в день увольнения работника. Если работник в день увольнения не работал, то соответствующие суммы должны быть выплачены не позднее следующего дня после предъявления уволенным работником требования о расчете.
В случае спора о размерах сумм, причитающихся работнику при увольнении, работодатель обязан в указанный в настоящей статье срок выплатить не оспариваемую им сумму.
К случаям о споре о размерах сумм данная ситуация не подходит, так как ваш руководитель пытается удержать за выданный займ.
По закону ваш руководитель должен сначала с вами рассчитаться, а потом уже требовать с вами возврата денег.
Напишите жалобу в трудовую инспекцию и прокуратуру, укажите на данные нарушения, попросите обязать выплатить вам вашу зарплату, а так же привлечь его к административной ответственности.
Удачи Вам! Надеюсь у Вас всё получиться!