Скажите, насколько это законно?

Здравствуйте,  Дмитрий.

По данному запрету Вам нужно оспаривать отказ в выдаче загранпаспорта в судебном порядке, указывать, что с даты Вашего ознакомления со сведениями, составляющими государственную тайну прошло более 5 лет.

Федеральный закон от 15.08.1996 N 114-ФЗ
(ред. от 31.07.2020)
«О порядке выезда из Российской Федерации и въезда в Российскую Федерацию»

Статья 15. Право гражданина Российской Федерации на выезд из Российской Федерации может быть временно ограничено в случаях, если он:

1) при допуске к сведениям особой важности или совершенно секретным сведениям, отнесенным к государственной тайне в соответствии с законом Российской Федерации о государственной тайне, заключил трудовой договор (контракт), предполагающий временное ограничение права на выезд из Российской Федерации, при условии, что срок ограничения не может превышать пять лет со дня последнего ознакомления лица со сведениями особой важности или совершенно секретными сведениями, — до истечения срока ограничения, установленного трудовым договором (контрактом) или в соответствии с настоящим Федеральным законом.

Если орган военного управления выдавший указанный Вами запрет не сможет доказать Ваше ознакомление со сведениями гос.тайны ранее 5 лет, то судебное дело Вы выиграете.

Срок 5 лет исчисляется с даты фактического ознакомления с гос.тайной, а не с даты увольнения.

Подать административный иск нужно в срок 3 месяца с даты когда Вас письменно уведомили об отказе согласно статьи 219 Кодекса административного судопроизводства.

С уважением!  Г.А.  Кураев

Здравствуйте, Дмитрий! Если вы проходили военную службу в органах ФСБ России, то к вам применима специальная норма закона, которая касается только сотрудников ФСБ, это п.7.1 ст. 15  Федерального закона «О порядке выезда из Российской Федерации и въезда в Российскую Федерацию» от 15.08.1996 N 114-ФЗ-ограничение  действует до 5 лет именно со дня увольнения!

7.1) уволен с военной службы в органах федеральной службы безопасности, — на срок до пяти лет со дня увольнения с военной службы. Порядок принятия решений об ограничении права на выезд из Российской Федерации по основанию, предусмотренному настоящим подпунктом, устанавливается федеральным органом исполнительной власти в области обеспечения безопасности;

Данная норма закона введена в действие в декабре 2019 года и с условиями вуашего контракта ника не связана, то есть данный пункт регламентирует ограничение выезда только для бывших сотрудемков ФСБ. И так как на день вашегоувольнения из ФСБ данная норма уже действовала, соответственно, она к вам и применяется. 

А сам  Порядок принятия решения об ограничении выезда  бывших сотрудников ФСБ РФ регламентирует  Приказ ФСБ России от 14.05.2020 N 198 «Об утверждении Порядка принятия решений о временном ограничении права на выезд из Российской Федерации лиц, уволенных с военной службы в органах федеральной службы безопасности».