Отразится ли на пенсии или на поиске работы на гражданке?

В таком случае, если в дальнейшем Вы не собираетесь связать свою трудовую деятельность с государственной или муниципальной службой, то варианты с увольнением по обоим основаниям (утрата доверия, невыполнение условий контракта) представляются, с высокой долей вероятности, не рискованными.

При этом, более целесообразным представляется вариант по основанию предусмотренному пунктом «в» части 2 статьи 51 ФЗ «О воинской обязанности и военной службе» (http://www.consultant.ru/docum...):

в) в связи с невыполнением им условий контракта

Утрата же доверия повлечет включение Вас в реестр лиц, уволенных в связи с утратой доверия (http://www.consultant.ru/docum...), что может неблагоприятно отразиться при устройстве на работу в государственные учреждения.

Конечно же есть вариант увольнения по здоровью в случае наличия оснований.

Решать Вам.

Также отмечу, что осуществление Вами предпринимательской деятельности, как основание увольнения с военной службы в связи с утратой доверия не является основанием для включения Вас в соответствующий реестр.

В силу ст. 15 ФЗ  от 25.12.2008 N 273-ФЗ «О противодействии коррупции»

1. Сведения о применении к лицу взыскания в виде увольнения (освобождения от должности) в связи с утратой доверия за совершение коррупционного правонарушения, за исключением сведений, составляющих государственную тайну, подлежат включению в реестр лиц, уволенных в связи с утратой доверия (далее — реестр), сроком на пять лет с момента принятия акта, явившегося основанием для включения в реестр.

Вы коррупционного правонарушения в данном случае не совершаете, а соответственно негативным последствием осуществления Вами предпринимательской деятельности будет только увольнение с военной службы.

В дальнейшем ни на получении пенсии, ни на последующем трудоустройстве это никак не отразиться.