Здравствуйте!
Разумеется, Вы вправе получить сертификат на материнский (семейный) капитал в соответствии с Федеральным законом «О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей».
То обстоятельство, что сын проживает с отцом, а не с Вами, в данном случае правового значения не имеет. Вы ведь не лишены родительских прав.
Если Вам требуется более подробная консультация или подготовка документов по Вашему вопросу, рекомендую Вам обратиться в чат ко мне или иному выбранному юристу для согласования условий оказания соответствующей услуги.