Здравствуйте, Артем.
Прежде всего, неправомерно направлять кандидата на работу на предварительный обязательный медосмотр и заставлять его оплачивать эти услуги.
Согласно ст. 213 ТК РФ обязательные медосмотры, в том числе предварительные должны производится за счет работодателя, а не работника.
Если Вас направили в конкретную медицинскую организацию (с которой у работодателя по закону должен быть заключен договор на проведение мед. осмотров), а та выдала чек без QR-кода, то получается работодатель плохо выбрал мед. организацию, раз она нарушает требования законодательства о реквизитах чека.
Я думаю, в суде Вы сможете отстоять свои права, а вот убедить работодателя — вряд ли. Так что Вам решать — идти ли на конфликт.