Здравствуйте, Ольга.
По этому поводу уже есть сформированная судебная практика. Вам должны заплатить всю цену контракта.
Если контракт заключен с победителем на УСН по итогам закупки, по условиям которой в цене контракта выделен НДС, то оплата должна осуществляться в полном размере независимо от того, какой режим налогообложения применяет победитель (в частности определения ВС РФ от 12.03.2018 г. N 309-ЭС18-789, от 15.11.2017 N 308-ЭС17-13912, от 01.10.2015 N 303-ЭС15-11466).
При этом счет-фактуру с НДС Вы выставлять не обязаны. Если выставите, то должны будете заплатить НДС в бюджет. Поэтому выставлять счет-фактуру с НДС Вам не нужно.
В письме ФНС России от 8 ноября 2016 г. № СД-4-3/21119@ разъяснено, что если в государственном контракте на поставку товаров (работ, услуг) их стоимость указана «с НДС» и при оплате этих товаров (работ, услуг) заказчиком в платежном поручении выделена сумма НДС при не выставлении счета-фактуры у продавца, применяющего упрощенную систему налогообложения, обязанность уплатить НДС в бюджет в соответствии с положениями главы 21 Кодекса не возникает.
Вопрос немного в другом. Могут ли нас обязать выставить закрывающие документы (акт и счет-фактуру) с НДС? Или мы берем сумму контракта, указываем ее и пишем в документах «Без НДС», т.к. наша система налогообложения не предусматривает НДС.
Нет, не могут. В силу ст. 346.11 НК РФ Вы не являетесь плательщиком НДС. Обязанность уплаты НДС может возникнуть либо в определенных законом случаях ( при ввозе товаров например) либо если Вы сами выставили счет -фактуру ( п.п. 2 п. 5 ст. 173 НК РФ), но обязать Вас выставлять СФ заказчик не вправе, а насчет акта — если это предусмотрено договором то да, акт обязателен, но с уплатной ндс он никак не связан