Снятие с постоянной регистрации брата (не собственник) с квартиры сестры

Можно снять  с  учёта. Но только в судебном порядке. Пишите иск о признании его прекратиашим право пользования жилой площадью. Ст 304 ГК РФ 

Вопрос в том как Вы его зарегистрировали. Временно (по месту пребывания) или по месту жительства. Только после этого можно дать ответ на Ваш вопрос. Но общему правилу если Вы его вселили как члена собственника жилья, но прекратились отношения — это выселение по ЖК РФ. Если временно, то это по факту выезда на другое место жительства. Скорее всего это процедура будет судебная. 

Здравствуйте! Можно, но только в судебном порядке. Вы указываете, что помимо регистрации, Ваш брат и проживает в квартире. Поэтому обращаться нужно с иском о выселении и прекращении права пользования. Такое право у Вас как у собственника есть. 

Ст. 209 ГК РФ:

1. Собственнику принадлежат права владения, пользования и распоряжения своим имуществом.
2. Собственник вправе по своему усмотрению совершать в отношении принадлежащего ему имущества любые действия, не противоречащие закону и иным правовым актам и не нарушающие права и охраняемые законом интересы других лиц, в том числе отчуждать свое имущество в собственность другим лицам, передавать им, оставаясь собственником, права владения, пользования и распоряжения имуществом, отдавать имущество в залог и обременять его другими способами, распоряжаться им иным образом.