Алина, доброго времени суток!
Тут существенным будет вопрос когда была ликвидирована организация и конечно же необходимо видеть решения судов всех инстанций.
Формально прекращение производства по делу в связи с ликвидацией общества предусмотрена статьей 150 АПК РФ. Но тут отдельный вопрос как налоговая ликвидировала общество с долгами и судебным делом.
В любом случае Вам необходимо восстанавливать данную компанию в реестре. Либо путем отдельной подачи иска, либо путем обжалования незаконных действий налогового органа, если они имели место быть.
Если у Вас остались вопросы или требуется подготовка документов, Вы можете обратиться ко мне в чат и заказать персональную консультацию/изготовление документов.
С уважением юрист Арутюнов Г.С.