Здравствуйте, ситуация: работал по договору водителем, развозил товар по точкам, при увольнении не хотят полностью оплачивать все рейсы, накладывают штрафы, что можно сделать в этом случае?

В случае неполной оплаты заработной платы, то такой спор решается в судебном порядке. В части наложения штрафов (хотя ТК РФ такого не предусматривает), а скорее всего это не начисление стимулирующих доплат, то это право работодателя. При этом если работодатель в нарушение равенства всех перед законом, выплачивает премии остальным работникам, а Вам нет, то это тоже может являться основанием для судебного иска.