Здравствуйте.
Да, Вы можете продать квартиру.
По общему правилу такая продажа не должна повлиять на решение, если только требование не связано тесно именно с тем обстоятельством, что Вы — собственник на данный момент. Например, судебное требование включает в себя восстановление прежнего состояния квартиры (с прежним ремонтом и дизайном квартиры).
Если нет каких-то специфических требований и Вы взыскиваете денежные средства, то повлиять данное обстоятельство не должно.
А вот в «чистоте сделки», если Вы не предупредите покупателя об идущем судебном деле, я, как юрист, не уверен.
Удачи.